საქართველოს მართლმადიდებელი ეკლესიის ავტოკეფალიის გაუქმების შემდეგ რუსეთის ხელისუფლებამ შექმნა საქართველოს საეგზარქოსო, რომელსაც ქართველი მიტროპოლიტის ვარლამ ერისთავის შემდეგ რუსი ეგზარქოსები განაგებდნენ. ეგზარქოსები არ ითვალისწინებდნენ მრავალსაუკუნოვან ქართულ საეკლესიო ტრადიციებს, დევნიდნენ ქართულ ენას, ქართულ გალობას, შეურაცხყოფდნენ ქართველ წმინდანებს, ეკლესიებში ანგრევდნენ ქართულ კანკელებს და ცვლიდნენ რუსულით, მონასტრებიდან აძევებდნენ ქართველ ბერებს და მათ ადგილზე ნიშნავდნენ რუსებს. რუსი ეგზარქოსებისათვის მიუღებელი იყო ქართული ეროვნული სულისკვეთების სამღვდელოება. კალისტრატე ცინცაძის მახვილი თვალისა და უზუსტესი ფსიქოლოგიური დაკვირვებების შედეგია XIX საუკუნის 80-იანი წლებიდან 1917 წლამდე საქართველოს ეგზარქოსების ისტორიული პორტრეტები. უწმიდესი კალისტრატე მრავალრიცხოვან საეკლესიო საბუთების მოშველიებით სრულად აღადგენს ეპოქის სურათს. ეგზარქოსების დახასიათებისას მას არასოდეს ღალატობს ობიექტურობა.

1891 წელს კიევის სასულიერო აკადემიაში სწავლის პერიოდში შეხვდა საქართველოს ყოფილ ეგზარქოსს იოანიკე რუდნევს, რომელიც იმხანად კიევის მიტროპოლიტი იყო. „სარწმუნო წყაროდან ვიცი, რომ როდესაც 1882 წელს საქართველოდან გადაიყვანეს, ჯვრის უღელტეხილზე შეჩერდა, მობრუნდა საქართველოსკენ, პირჯვარი გადაიწერა და თქვა: გმადლობ, შენ, ყოვლადწმიდა ქალწულო, რომ შესაძლებლობა მომეცი, ამ ველურებს ცოცხალი გადავრჩენოდიო“. კალისტრატე ცინცაძე იმოწმებს მთავარეპისკოპოს ნიკანორის დიალოგს იონიკესთან რომელიც ასე ახასიათებს ქართველებს: „მათ ხომ არ აქვთ განსჯის უნარი: გონებაჩლუნგნი არიან, მაგრამ რასაც დაიჩემებენ აღარ გადათქვამენ. კაცის მოკვლა არაფრად უღირთ. ნათესაობას მე-14 თაობამდე თვლიან, თუმცა, ხანჯალი ჩასცენ ღვიძლ ძმას, მათთვის ძნელი არ არის. შმაგი ხალხია, ოდნავ აღელვებაზე კარგავენ წონასწორობას და იძრობენ ხანჯალს“. ქართველებზე ასეთი შეხედულების მწყემსმთავარი ბუნებრივია, კარგს არაფერს გაუკეთებდა თავის სამწყსოს.

კალისტრატე ცინცაძის დახასიათებით ეგზარქოსი პავლე ლებედევი (1882-1887 წ.წ.) იყო უხეში და ფიცხი ადამიანი. სემინარიის რექტორის ჩუდეცკის მკვლელობა მან გამოიყენა ანტიქართული ისტერიის გასაღვივებლად. ხოლო ალექსანდრე ნეველის ეკლესიაში წარმოთქმული შეურაცხმყოფელი სიტყვა მჭევრმეტყველების ნიმუშად გამოაცხადა. იგი სიამაყით წერდა: „დაკრძალვისას წარმოვთქვი სიტყვა, რომელმაც დიდი შთაბეჭდილება მოახდინა, მოეწონათ რუსებს და არ მოეწონათ  ქართველების გარკვეულ ნაწილს. სემინარიამ და ქართულმა ინტელიგენციამ საზიზღრად წარმოაჩინეს თავი“. ეგზარქოსი პავლე სხვა დროსაც არ უშვებდა შემთხვევას, ქართველებზე აუგი ეთქვა. უწმიდესი კალისტრატე იხსენებს ეგზარქოს პავლეს საუბარს ყოვლადსამღვდელო ნიკანორთან „მასთან საუბარში მივხვდი, რომ არ აპირებდა უკან, საქართველოში დაბრუნებას. რისთვის წავიდე, სულ ერთია, მომკლავენ... აკი ეჭვიც არ ეპარებათ სინოდში, რომ საქართველო მიილტვის სეპარატიზმისაკენ... იქ არის ნიჰილისტური, სეპარატისტული ხროვა, არცთუ მცირერიცხოვანი, რომელნიც მთებსაც გადააბრუნებენ ჩემს მოსასპობად“. სამწუხარო ის იყო, რომ მარტო პავლე ეგზარქოსი კი არ იყო, ვინც ასე ფიქრობდა ქართველებზე. პეტერბურგის საერო და სასულიერო წრეებში უმრავლესობა ამ აზრისა იყო საქართველოზე. ბუნებრივია, სიძულვილის მთესველნი სიყვარულს ვერ მოიმკიდნენ.

უწმიდესი კალისტრატე მკაცრი, მაგრამ ობიექტური იყო პავლეს შემცვლელი ეგზარქოსის პალადი რაევის (1886-1892 წ.წ) შეფასებისას. ეგზარქოსი პალადი თვალთმაქცობდა და ნაძალადევი თავაზიანობით ეპყრობოდა ყველას, მან მოახერხა ქართველ თავად-აზნაურთა ოჯახებთან დაახლოება, სტუმრობდა ქართულ ოჯახებს, გულუხვად აჯილდოებდა სასულიერო პირებს, მაგრამ ამის პარალელურად ოსტატურად ახერხებდა რუსიფიკაციის პოლიტიკის განხორციელებას. მან დიდუბის ივერიის ღვთისმშობლის ეკლესია ყაზანის ღვთისმშობლის ეკლესიად გამოაცხადა. ვერ იტანდა ქართველ წმინდანებს. „ერთხელ სინოდის კანტორაში იკითხა, სად ვიპოვო ქართველი წმინდანების წმინდანებად შერაცხვის აქტები? ასეთი აქტები არ შემონახულა, მაგრამ მარტო ის, რომ ზემოთჩამოთვლილი სახელები საქართველოს ეკლესიაში საუკუნეების მანძილზე მოიხსენიება, მოწმობს მათ დაკანონებას, უპასუხეს მეუფეს. ამ პასუხმა იგი არ დააკმაყოფილა და სინოდის კანტორის სახელით განკარგულება გამოსცა, ქართული სახელები ბერძნულ-რუსულით შეეცვალა“. აი, ნამდვილი სახე ზედმეტად თავაზიანი ეგზარქოსისა, რომელსაც სიტყვით ძალიან უყვარდა თავისი სამწყსო, ქართველი ხალხი.

მიუხედავად იმისა, რომ ეგზარქოს ვლადიმერ ბოგოიავლინსკის (1892-1898 წ.წ.) უწმიდესი კალისტრატე განსაკუთრებით პატივს სცემდა, როგორც განათლებულ პიროვნებას და მის მღვდლად მაკურთხებელს, მის ქართველთმოძულეობასაც ვერ ივიწყებდა. მისი განკარგულებით, 87 სემინარიელი „მგლის ბილეთით“ გააძევეს თბილისის სემინარიიდან. მას სძულდა ქართული სალოცავები. „1894 წელს სვეტიცხოვლობის დღესასწაულზე ეგზარქოსი სვეტიცხოვლის ტაძარში წირავდა, წირვის შემდეგ მღვდელმსახურნი პარაკლისის გადასახდელად გამოვიდნენ. საწიგნეზე ორი ხატი იდო - სვეტიცხოველი და ღვთისმშობლის საფარველი. მეუფემ კანდელაკს უბრძანა სვეტიცხოვლის ხატი წაეღო, ღვთისმშობლის საფარველი დაეტოვებინა. ხატი წაიღეს, მლოცველთ გული დაუმძიმდათ, მათ შორის ზოგიერთ რუსსაც კი და ბევრი გავიდა ტაძრიდან“.

ეგზარქოს ვლადიმერს აღიზიანებდა სიტყვა საქართველოს ხსენება და ყველასგან მოითხოვდა ქუთაისისა და თბილისის გუბერნიებით შეეცვალათ ტერმინი „საქართველო“.

თავისი ხანმოკლე მწყემსმთავრობის ჟამს მთავარეპისკოპოსმა ფლაბიანე გორდეცკიმ (1898-1901 წ.წ.) გააუქმა ეგზარქოს პალადის აკრძალვა ყრმათათვის ქართველ წმინდანთა სახელის არდარქმევის შესახებ. იგი იყო რბილი და ყურადღებიანი და სურვილი ჰქონდა, თავისი სიცოცხლის დარჩენილი წლები საქართველოში გაეტარებინა, მაგრამ რუსეთის საიმპერატორო ხელისუფლებაში ასეთი კაცი მიუღებელი იყო, მითუმეტეს, ამ დროს ქართველები უკვე აღარ მალავდნენ თავიანთ სურვილს საქართველოს ეკლესიის ავტოკეფალიის აღდგენის აუცილებლობის შესახებ. ხელისუფლებამ საქართველოში ლმობიერი ეგზარქოსის დამხმარედ ცნობილი შავრაზმელი ი. ვოსტორგოვი მოავლინა, ხოლო 1901 წელს ფლაბინე მთავარეპისკოპოსმა ალექსი ოპოცკიმ შეცვალა (1901-1905 წ.წ.), რომელიც ივანე ვოსტორგოვის გავლენის ქვეშ მოექცა. ეგზარქოსი ალექსი თავისი წინამორბედების პოლიტიკას აგრძელებდა საქართველოში. ვოსტორგოვი ღიად ებრძოდა ყოველივე ეროვნულს და ცდილობდა პეტერბურგის საერო და სასულიერო წრეებში იმპერიის ინტერესებისათვის ყველაზე ერთგული მებრძოლის სახელის შენარჩუნებას. ეგზარქოსი ალექსი უფრო შენიღბულად მოქმედებდა.

1903 წელს ქაშუეთის წმ. გიორგის ეკლესიის ახალი შენობის მშენებლობის მთელი კომიტეტი მისი თავმჯდომარის ი. ამილახვრის მეთაურობით ეგზარქოსს ეწვია და ეკლესიის პროექტი და ხარჯთაღრიცხვა წარუდგინა, თან სთხოვა, პროექტი საგუბერნიო სამმართველოში გაეგზავნა დასამტკიცებლად. ეგზარქოსმა ქართული ეკლესიების მსგავსად შედგენილ პროექტს რომ დახედა, საწერი მაგიდის ერთ-ერთი უჯრა გამოსწია. ეკლესიების პროექტების მთელი ათეული ესკიზი ამოიღო (ამ ეკლესიების ხახვის გუმბათები და სამ მხარეს პატრონიკე ჰქონდა) და ამილახვარს ჰკითხა: თავადო, განა ესენი არ სჯობს თქვენ პროექტს? ამილახვარმა მიუგო: შეიძლება, სჯობს კიდევაც, მაგრამ ჩვენმა წინაპრებმა ეს გეგმა გამოიმუშავეს და გვინდა, სწორედ მის მიხედვით ავაშენოთ ეკლესია. თქვენო ბრწყინვალებავ, - მიუგო ეგზარქოსმა, თუკი წინაპრები სისულელეებს სჩადიოდნენ, ჩვენ რატომ უნდა გავიმეოროთ ისინი? მაგრამ ამილახვარი მაგრად დაუხვდა და კატეგორიულად მოითხოვა ქაშუეთის ეკლესია სამთავისის ეკლესიის მსგავსი უნდა ყოფილიყო.

ეგზარქოს ალექსისათვის შოკისმომგვრელი აღმოჩნდა 1905 წლის მაისში ქართველი სამღვდელოების ინიციატივით მოწყობილი კრების მოთხოვნა საქართველოს მართლმადიდებელი ეკლესიის ავტოკეფალიის აღდგენის შესახებ. მისი ბრძანებით, რუსმა კაზაკებმა მათრახებით სცემეს სამღვდელოების კრების მონაწილენი. თბილისში დაძაბული ვითარება შეიქმნა. ქართული ინტელიგენციის წარმომადგენლებმა ილია ჭავჭავაძის მეთაურობით მეფისნაცვალ ვორონცოვ-დაშკოვს მოსთხოვეს ეგზარქოს ალექსის საქართველოდან გაწვევა. რუსეთის ხელისუფლება იძულებული გახდა, ალექსი ეგზარქოსთან ერთად საქართველოდან გაეწვია ცნობილი შავრაზმელები: დეკანოზი ვოსტორგოვი და არქიმანდრიტი ნიკანდრი. ეგზარქოსი ალექსი დევნიდა ცნობილ საეკლესიო მოღვაწეს - ეპისკოპოს ალექსანდრე ოქროპირიძეს. მისი წარდგინებითა და რენეგატ ეპისკოპოს დიმიტრი აბაშიძის დაბეზღებით, 1903 წელს ეპისკოპოსი ალექსანდრე იმპერატორის საყვედურით გადააყენეს გურია-სამეგრელოს ეპარქიის მმართველის თანამდებობიდან და მის ადგილზე დანიშნეს ეპისკოპოსი დიმიტრი აბაშიძე. ალექსანდრე ეპისკოპოსის „დანაშაული“ ის იყო, რომ გურია-სამეგრელოს სკოლებიდან არ განდევნა ქართული ენა და არ დააჩქარა ამ მხარის გარუსება. რაც შეეხებოდა ეპისკოპოს დიმიტრი აბაშიძეს, იგი იყო ცნობილი რუსი შავრაზმელის ი. ვოსტორგოვის იდეების ერთგული, სძულდა ყოველივე ქართული, ენერგიულად ცდილობდა გურია-სამეგრელოს სკოლებიდან ქართული ენის განდევნას, ებრძოდა ეროვნული სულისკვეთების ქართველ სამღვდელოებას. მისი პოლიტიკით უკმაყოფილო მოსახლეობის რისხვას გადაურჩა იმით, რომ განიმოსა სამღვდელმთავრო შესამოსელისაგან, ჩაიცვა ჩოხა-ახალუხი და ასე გაიპარა 1905 წელს საქართველოდან. 1906 წელს კი პეტერბურგში სინოდის სხდომაზე, საქართველოს მართლმადიდებელი ეკლესიის ავტოკეფალიის აღდგენის საკითხის განხილვისას უკვე თურქესტანისა და ტაშკენტის ეპისკოპოსის ხარისხში გამოვიდა საქართველოს წინააღმდეგ - „დაიჭირეთ ეპისკოპოსები კირიონი და ლეონიდი. საქართველოში ეკლესიის ავტოკეფალია აღარავის გაახსენდებაო“, - განაცხადა მან.

რუსეთის საიმპერატორო ხელისუფლება შეეცადა საქართველოში საეკლესიო სფეროში წარმოშობილი გართულებული ვითარების დაწყნარებას. ეს მისია დაეკისრა ახალ ეგზარქოს ნიკოლოზს, რომელმაც მხოლოდ ერთი წელი (1905-1906 წ.წ.) შეძლო ამ თანამდებობაზე დარჩენა და როგორც უწმიდესი კალისტრატე შენიშნავს, თავი არაფრით გამოუჩენია.

უწმიდესი კალისტრატეს მოგონებებში დაწვრილებითაა აღწერილი რუსეთის ხელისუფლებისგან საქართველოს ეგზარქოსად მთავარეპისკოპოს ნიკონის დანიშვნა, ქართველი საზოგადოებისა და სამღვდელოების დამოკიდებულება ამ ფაქტისადმი.

მთავარეპისკოპოსი ნიკონი ავტოკეფალური მოძრაობის წინააღმდეგ ბრძოლისათვის იყო განწყობილი. მან იცოდა საზოგადოების მისადმი უარყოფითი დამოკიდებულება. 1906 წლის 26 აგვისტოს, როცა თბილისში ჩამოვიდა, რკინიგზის სადგურში მხოლოდ რუსი სასულიერო პირები დახვდნენ. ეგზარქოსი გაძლიერებული დაცვის თანხლებით გადაიყვანეს რეზიდენციაში. პირველ ხანებში ქართველი სამღვდელოება ცდილობდა, ეგზარქოსისათვის ბოიკოტი გამოეცხადებინა და არ შეხვედროდა მას, მაგრამ ნიკონს სურდა, შემოერიგებინა ისინი. უწმიდესი კალისტრატე იხსენებს ეგზარქოსთან შეხვედრას. როცა მას დაუფარავად უთხრა: „რად ცდილობთ ჩვენს გარუსებას? ეს ხომ არასოდეს მოხდება: ხალხი, რომელსაც თავის ენაზე მეოთხე-მეხუთე საუკუნეებიდან აქვს ბიბლია, მდიდარი საეკლესიო-საღვთისმეტყველო და საერო ლიტერატურა და უაღრესად განვითარებული ენა, განა შეიძლება გარუსდეს? ხოლო თუ გვირევიან ისეთნი, რომელნიც გარუსებულად გვაჩვენებენ თავს, ისინი... ნაძირალები არიან, როგორებიც არც თქვენ გჭირდებათ და არც მით უმეტეს ჩვენ“. ნიკონი მოჩვენებითი კეთილგანწყობით უსმენდა კალისტრატე ცინცაძეს, აღუთქვამდა, რომ „ღრმად გაერკვეოდა“ ქართველი სამღვდელოების პრობლემებში და როგორც ჭეშმარიტი მწყემსმთავარი, ყველაფერს გააკეთებდა მის გამოსასწორებლად. ამავე დროს საიდუმლო წერილში რუსეთის სინოდისადმი არ მალავდა თავის ანტიქართულ განწყობილებას. იგი ურჩევდა ხელისუფლებას „მათ (ქართველებს) რომც მიეცეთ ნება ქართულ ღვთისმეტყველებაში ვარჯიშის, საქმე მაინც უნდა განვაგრძოთ ისე, რომ სრულებით არ გადავცდეთ სახელმწიფოებრიობის საფუძვლებს. შეიძლება სემინარიას, რადგან იქ ეროვნულ ენაზეა სწავლა, აღეკვეთოს სახელმწიფო ხაზინის დახმარება და  მინიჭება უფლებებისა, რომელთაც იგი აძლევდა თავის აღზრდილებს, როცა მთლიანად რუსული იყო. მაშინ ქართველები მოინანიებენ, რაც ჩაიდინეს, ტირილით მოითხოვენ გულმოწყალებას და ხელს აიღებენ თავიანთ ეროვნულ მისწრაფებებზე იმის დაბრუნების თხოვნაზე, რაც ჰქონდათ. მათთან მოსარიდებელი არაფერი გვაქვს, ვინაიდან ისე ვძულვართ ჩვენ რუსები, როგორც ძაღლები“. ეგზარქოს ნიკონის მცდელობა, ქართველებს დაევიწყებინათ საქართველოს მართლმადიდებელ ეკლესიის ავტოკეფალიაზე ფიქრი, მარცხით დამთავრდა. 1908 წლის 28 მაისს ეგზარქოსი ნიკონი მოკლულ იქნა. რუსეთის ხელისუფლებამ ეს ფაქტი თავის სასარგებლოდ გამოიყენა. მკვლელობაში ბრალი ქართველ ავტოკეფალისტებს დასდეს, განსაკუთრებულ დევნაში მოექცნენ ეპისკოპოსი კირიონი, არქიმანდრიტი ამბროსი ხელაია. მთავარ დამნაშავედ გამოცხადდა თბილისის სასულიერო სასწავლებლის მასწავლებელი, მღვდელმონაზონი ნიკოლოზ ნამორაძე, რომელმაც უცხოეთში გასვლა მოასწრო. „რუს პატრიოტთა კავშირის“ წევრები ემუქრებოდნენ ქართველ სამღვდელოებას, კიდევ უფრო გაძლიერდა რეპრესიები.

1909-1913 წლებში საქართველოს ეგზარქოსი იყო მთავარეპისკოპოსი ინოკეტი ბელიაევი. საქართველოში ჩამოსვლისთანავე მან განაცხადა, რომ არ დაუშვებდა ივერიის ეკლესიის რაღაც მისწრაფებებისა და უფლებების აღდგენას. მისთვის არასასურველნი იყვნენ ავტოკეფალურ მოძრაობაში ჩაბმული სასულიერო პირები. განსაკუთრებით მიუღებელი იყო კალისტრატე ცინცაძის პერსონა, რომელსაც პირდაპირობის გამო ვერ იტანდა. ქვეშევრდომებში ხშირად იმეორებდა: „ამ დეკანოზს საშინლად ბოროტი ენა აქვსო“, ეგზარქოსმა დიდუბის ეკლესიიდან გამოაძევა დეკანოზი ნიკიტა თალაკვაძე, რათა ეკლესია რუს მღვდლებს დაესაკუთრებინათ. „კახეთში მოგზაურობისას ეგზარქოსმა ინოკენტიმ გვერდი აუარა ცნობილ ალავერდის და იყალთოს ტაძრებს და შუამთის მონასტერს... მას გული არ უდგება ივერიის ეკლესიაში. ვგონებ, არც მალავს, რომ უმძიმს საქართველოში სამსახური“, - წერდა დეკანოზი კალისტრატე. 1913-1914 წლებში საქართველოს ეგზარქოსი იყო ალექსი მოლჩანოვი, რომელიც საქართველოს ეკლესიის ავტოკეფალიის აღდგენის მოთხოვნას „ქართველი ინტელიგენტების ფანტასტიურ ბოდვას“ უწოდებდა.

ეგზარქოსი პიტირიმ ოკნოვი (1914-1915 წლებში) იყო პირმოთნე და ეშმაკი კაცი, რომელიც ცდილობდა ქართველი საზოგადოებისათვის თავი ისე მოეჩვენებინა, თითქოს მხარს უჭერდა საქართველოს ეკლესიის ავტოკეფალიის აღდგენას. იგი ცდილობდა, ჩირქი მოეცხო ავტოკეფალისტი მღვდელმთავრებისათვის, „თქვენ დიდი ხნის წინ უნდა გყოლოდათ პატრიარქი, მაგრამ ამის წინააღმდეგი მეუფე ლეონიდიაო“. ეგზარქოსი პიტირიმი თავის დროზე რუსეთში ყოვლისშემძლე რასპუტინის ნდობით სარგებლობდა.

1915-1917 წლებში საქართველოს ეგზარქოსი იყო მთავარეპისკოპოსი პლატონ როჟდესტვენსკი, რომელიც, კალისტრატე ცინცაძის აზრით, პრაქტიკული კაცი იყო. მისთვის გაუგებარი იყო, თუ რატომ ითხოვდა ქართველი სამღვდელოება საქართველოს ეკლესიის ავტოკეფალიას. 1917 წლის 12 (25) მარტს, როცა ქართველმა სამღვდელოებამ მცხეთაში ავტოკეფალიის აღდგენა გამოაცხადა. პლატონ ეგზარქოსი მტრულად შეხვდა ამ გადაწყვეტილებას, თავი ამიერკავკასიის ეგზარქოსად და თბილისის მიტროპოლიტად გამოაცხადა, დაიქვემდებარა საქართველოს საკათალიკოსოს საზღვრებში არსებული არაქართული მრევლი. პეტერბურგში გაგზავნილ წერილში კი განაცხადა, რომ საქართველო ქრისტიანობას განუდგა. საქართველოს მართლმადიდებელი ეკლესიის დროებითმა მმართველობამ ეპისკოპოს ლეონიდის ხელმძღვანელობით მიიღო გადაწყვეტილება პლატონის ეგზარქოსობიდან გადაყენების შესახებ, 1917 წლის 13 მარტს. მაგრამ იგი მაინც აგრძელებდა რუსეთის ინტერესებისათვის ბრძოლას, არ თმობდა რეზიდენციას, იწვევდა თავისი მომხრე სამღვდელოების კრებებს, თუმცა, ბოლოს 1917 წლის აგვისტოში იძულებული გახდა, თბილისი დაეტოვებინა.

უწმიდესი კალისტრატეს მოგონებებიდან კარგად ჩანს, რომ რუსეთის ხელისუფლების მიერ საქართველოში მოვლენილი ეგზარქოსები გამოირჩეოდნენ ანტიქართული სულისკვეთებით, რომელნიც ფეხქვეშ თელავდნენ ივერიის უძველესი სამოციქულო ეკლესიის კანონიერ უფლებებს, აბუჩად იგდებდნენ ქართველ ხალხს და დაჟინებით ცდილობდნენ მათ გარუსებას, მაგრამ ამას ვერ ახერხებდნენ.